日本のメタンハイドレートの資源量は、1996年の時点で、天然ガス換算で7.35兆m?（日本で消費される天然ガスの約96年分）と推計されている。もし将来、石油や天然ガスが枯渇するか異常に価格が高騰し、海底のメタンハイドレートが低コストで採掘が可能となれば、日本は世界有数のエネルギー資源大国になるとする説もある。日本政府は2016年までにこれらのメタンハイドレートの商業化に必要な技術を完成させる計画である。また、近年の資源価格の高騰を受け、経済産業省は、2009年度から2011年度まで南海トラフを中心に実証実験を実施し、2012年度から海洋産出試験を行って、2018年度以降の商業化を目指す方針を明らかにしている。
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石油の可採量が増大したり、化石燃料に変わる代替エネルギーの開発が成功して、一次エネルギーが低コストで入手可能となった場合には、当面の間はメタンハイドレートが商業利用されない可能性がある。
例えば、南海沖海底のメタンハイドレートは潜水士が作業できない深い海底のさらに地下に氷のような結晶の形で存在する。そのままでは流動性が無いので、石油やガスのように穴を掘っても直接汲み上げられず、石炭のように掘り出そうとしても、ガスの含有量が少なく費用対効果の点で現実的ではない。